La France a opté pour un réseau Natura 2000 bâti en concertation et reposant sur des engagements contractuels volontaires. Le dispositif est décrit dans le code de l’environnement et prévoit pour chaque site :
De connaître pour protéger par voie de CONCERTATION avec :
• un comité de pilotage (ou COPIL) qui coordonne la rédaction et l’animation du DOCOB. Les membres du COPIL sont les représentants des acteurs de terrain : élus locaux, organisations socio-professionnelles, des syndicats agricoles, des associations de propriétaires, d’usagers, de protection de la nature, des établissements publics…
• un document d’objectifs (ou DOCOB) qui est d’une part un état des lieux du milieu naturel et des activités humaines, et d’autre part la définition des objectifs et des moyens de la gestion pour rétablir l’état de conservation des habitats naturels et des espèces du site.
De protéger par des actions par voie de CONTRACTUALISATION :
Les engagements volontaires pour la gestion des sites Natura 2000 prennent la forme de :
• contrats Natura 2000 qui sont établis entre l’État et un organisme référent. La mise en œuvre des actions donne lieu à une rémunération.
• chartes Natura 2000 qui correspondent à des engagements de bonnes pratiques ne générant pas de surcoûts mais concourant aux objectifs du DOCOB. Elles ne donnent pas lieu à rémunération, mais ouvrent droit à une exonération de la taxe sur le foncier non bâti.
De protéger par voie de PRÉVENTION :
Il s’agit de l’unique volet réglementaire de la politique Natura 2000 : les évaluations d’incidence Natura 2000, prévues par l’article 6 de la Directive Habitats Faune Flore. Son objectif est de vérifier la compatibilité d’une activité avec les objectifs de conservation des sites Natura 2000.
• Cas particulier des activités de pêche professionnelle sur l’espace maritime de site Natura 2000 marin ou mixte : Les activités de pêche professionnelle, embarquée et à pied, font l’objet d’une « analyse de risque » qui porte sur l’ensemble des activités de pêche exercées sur un site Natura 2000, en lieu et place d’évaluation d’incidence individuelle pour chaque entreprise de pêche. Ces analyses de risques pêche (ARP) sont réalisées sur chaque site Natura 2000 suivant un cadre méthodologique national.